يوجه صندوق التعليم العالي الجامعي مهامه وفق إشراف وإدارة مجلس إدارة صندوق التعليم العالي الجامعي ، إذ يتمتع المجلس بالصلاحيات الكاملة لإدارة الصندوق ووضع السياسة العامة التي يسير عليها ، وإقرار النظم واللوائح المالية والإدارية فيها واعتماد الخطط الاستثمارية والموافقة على تمويل المشاريع واعتماد الميزانية السنوية ، كل ذلك تحت إشراف مباشر من مجلس الإدارة برئاسة معالي وزير التعليم الدكتور أحمد بن محمد العيسى. 
معالي الدكتور أحمد بن محمد العيسى
وزير التعليم – رئيس مجلس الادارة
معالي الدكتور فالح بن رجاء السلمي
مدير جامعة الملك خالد
معالي الدكتور بدران بن عبدالرحمن العمر
مدير جامعة الملك سعود
معالي الدكتور خالد بن صالح السلطان
مدير جامعة الملك فهد للبترول والمعادن
سعادة الاستاذ محمد بن صالح آل الشيخ
وكيل وزارة الاقتصاد والتخطيط لشؤون التنمية البشريةسعادة الاستاذ طارق بن عبدالله الشهيّب
وكيل وزارة المالية لشؤون الإيراداتسعادة الدكتور خالد بن إبراهيم اباالخيل
نائب محافظ المؤسسة العامة للتدريب التقني والمهني للخدمات المساندة
سعادة الأستاذ بدر بن عبدالرحمن العيسى
المدير التنفيذي للمالية لشركة اصيلة للاستثمار
سعادة المهندس عبدالله بن أحمد بقشان
رئيس مجموعة بقشان العربية
سعادة الدكتور رائد بن عبدالله الحقيل
نائب رئيس مجلس إدارة الغاز والتصنيع الاهلية