يناط بصندوق التعليم العالي الجامعي مهام محددة وأهداف واضحة ، يتم تنفيذها وفق سياسة عامة يرسمها مجلس الإدارة وبخطة تنفيذية تعدها الأمانة العامة قاسمها المشترك هو إدارة الموارد المالية التي يحققها الصندوق من المبالغ التي تودعها الجامعات في حساباتها لديه وكذلك موارد الريع الاستثمارية التي يحققها نظير استثمار جزء من أمواله . إن كل هذه الموارد المالية تهدف إلى خدمة أهداف الصندوق الاستراتيجية نحو تطوير قاعدة التعليم العالي بشكل عام وتمكين الجامعات من زيادة قدرتها على أداء دورها الذي يتناسب مع متطلبات التنمية وزيادة الموارد المتاحة لها.