بعد صدور قرار مجلس الوزراء بإنشاء صندوق التعليم العالي الجامعي وإعادة تنظيم وترشيد مكافآت الطلاب في قطاعات التعليم العالي، فقد قام الصندوق بتخصيص حساب خاص مستقل لكل جامعة أو مؤسسة تعليمية من مستفيديه لإستقبال إيداعاتها وحفظ مدخراته، وذلك لتحقيق الإستدامة المالية لها، ويضاف لأرصدة تلك الحسابات أرباح وعوائد العمليات الإستثمارية التي يقوم بها الصندوق وما يقدم له من هبات وتبرعات من القطاع الخاص مما يساهم في تعزيز تلك الأرصدة. 

منذ إنشاء الصندوق عام 2001م بدأت الجامعات بتحويل المبالغ التي تحققها من ترشيد مكافآت الطلاب وعوائد استخدام مرافق الجامعات، وما يخصص من العوائد المالية التي تتقاضاها الجامعات مقابل ما تقدمه من الخدمات والدراسات والبحوث.  

لقد بلغ إجمالي ما تم توريده من قبل الجامعات للصندوق حتى نهاية 2019م ما يزيد عن (6,000,000,000ستة مليارات ريال.