يوجه صندوق التعليم العالي الجامعي مهامه وفق إشراف وإدارة مجلس إدارة صندوق التعليم العالي الجامعي ، إذ يتمتع المجلس بالصلاحيات الكاملة لإدارة الصندوق ووضع السياسة العامة التي يسير عليها ، وإقرار النظم واللوائح المالية والإدارية فيها واعتماد الخطط الاستثمارية والموافقة على تمويل المشاريع واعتماد الميزانية السنوية ، كل ذلك تحت إشراف مباشر من مجلس الإدارة برئاسة معالي وزير التعليم الدكتور حمد بن محمد آل الشيخ.